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醫(yī)院污水消毒應(yīng)用最廣泛的消毒是液氯，其次還有次氯酸鈉、氯片（主要成分是次氯酸鈣）和臭氧等。醫(yī)院污水處理的主要任務(wù)是解決污水的生物污染，因此，醫(yī)院污水最終必須經(jīng)過消毒處理。消毒應(yīng)與滅菌相區(qū)別。滅菌的意思是指殺滅或是除去一切活的微生物，而消毒則是利用物理或化學(xué)方法殺滅病原菌、病毒和其他有害微生物。近年來，國外對污水的紫外線消毒研究的較多，并出現(xiàn)了一些利用紫外線消毒的大型污水處理廠。
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